نرم افزار SnapGene بهعنوان قدرتمندترین و کاربرپسندترین نرمافزار طراحی و شبیهسازی مولکولی DNA در جهان شناخته میشود. نسخه ۸.۲.۱ که در سال ۲۰۲۵ منتشر شده، با اضافه شدن قابلیتهای هوش مصنوعی، بهبود چشمگیر رابط کاربری و پشتیبانی بهتر از فرمتهای جدید، تبدیل به انتخاب اول هزاران محقق، دانشجو و شرکت بیوتکنولوژی در سراسر جهان و بهخصوص در ایران شده است.
چرا SnapGene در ایران اینقدر محبوب است؟
در سالهای اخیر با گسترش رشتههای زیستفناوری، مهندسی ژنتیک، زیستشناسی مولکولی و پزشکی مولکولی در دانشگاههای تهران، شهید بهشتی، تربیت مدرس، شیراز، اصفهان و تبریز، نیاز به یک نرمافزار حرفهای و در عین حال ساده برای طراحی پلاسمید، شبیهسازی کلونینگ و آنالیز توالی به شدت احساس میشد. SnapGene دقیقاً همان چیزی بود که محققان ایرانی دنبالش بودند:
- رابط کاربری کاملاً شهودی (حتی برای کسانی که انگلیسی متوسط دارند)
- پشتیبانی کامل از زبان فارسی در نامگذاری ژنها و یادداشتها
- امکان ذخیره و اشتراکگذاری فایلها با فرمت .dna که در همه جای دنیا باز میشود
- عدم نیاز به سختافزار خیلی قوی (روی لپتاپهای معمولی هم عالی کار میکند)
- و مهمتر از همه: وجود لایسنسهای دانشگاهی و شرکتی با قیمت مناسب برای کاربران ایرانی
تغییرات و ویژگیهای جدید در نسخه 8.2.1
۱. هوش مصنوعی برای پیشنهاد پرایمر و کلونینگ (AI Assistant)
مهمترین قابلیت جدید، اضافه شدن دستیار هوش مصنوعی است. کافی است توالی یا ایدهتان را تایپ کنید، SnapGene بهصورت خودکار بهترین استراتژی کلونینگ (Gibson، Golden Gate، TOPO، Infusion و…) را پیشنهاد میدهد و حتی پرایمرهای بهینه با کمترین Tm difference طراحی میکند.
۲. پشتیبانی کامل از CRISPR-Cas12 و Cas13
حالا میتوانید گایدهای Cas12a و Cas13 را مستقیماً طراحی کنید و off-targetهای احتمالی را در ژنومهای مختلف (از جمله ژنوم انسانی، موش، زبرافیش و حتی گیاهان) بررسی کنید.
۳. Alignment پیشرفته با الگوریتم MAFFT داخلی
دیگه نیازی به نصب جداگانه Muscle یا Clustal نیست. SnapGene 8.2.1 خودش یکی از سریعترین و دقیقترین الگوریتمهای تراز توالی را دارد.
۴. شبیهسازی Agarose Gel با کیفیت ۴K
تصویر ژل مجازی حالا دقیقاً شبیه ژل واقعی آزمایشگاه است. حتی میتوانید شدت باند را بر اساس تعداد کپی تنظیم کنید.
۵. تاریخچه کامل پروژه (Version History)
مثل گوگل داکس، تمام تغییراتی که روی فایل میدهید ذخیره میشود و میتوانید به هر نسخه قبلی برگردید. این قابلیت برای پایاننامه و مقالههای گروهی بسیار کاربردی است.
کاربردهای SnapGene در ایران
دانشگاهها و مراکز تحقیقاتی
در حال حاضر بیش از ۴۵ دانشگاه و مرکز تحقیقاتی ایران لایسنس رسمی SnapGene دارند از جمله:
- مؤسسه رویان
- پژوهشکده رویان جهاد دانشگاهی
- دانشگاه علوم پزشکی تهران (آزمایشگاههای ژنتیک)
- مرکز ملی تحقیقات مهندسی ژنتیک و زیستفناوری
- دانشگاه تربیت مدرس (دانشکده علوم زیستی)
- پارک علم و فناوری پردیس (شرکتهای دانشبنیان بیوتک)
شرکتهای دانشبنیان
بیش از ۱۲۰ شرکت دانشبنیان در حوزه تولید کیتهای تشخیص مولکولی، واکسنهای mRNA و آنتیبادیهای مونوکلونال از SnapGene استفاده میکنند. معروفترین آنها:
- سیناژن
- آریوژن فارمد
- اکسیر کوثر
- نانو حیات دارو
- سلتک فارمد
دانشجویان ارشد و دکتری
تقریباً در تمام دفاعیههای دکتری مهندسی ژنتیک و زیستفناوری، اسلایدهایی که با SnapGene ساخته شدهاند دیده میشود. نقشههای پلاسمیدی رنگارنگ و حرفهای این نرمافزار باعث شده داوران خیلی سریعتر طرح را درک کنند.
آموزش کامل کار با SnapGene 8.2.1 (مخصوص کاربران ایرانی)
نصب و فعالسازی
پس از دانلود SnapGene 8.2.1، فایل نصبی را اجرا کنید. برای فعالسازی دو راه دارید:
- استفاده از لایسنس دانشگاهی (اگر دانشگاهتان خریداری کرده)
- خرید لایسنس شخصی (تککاربره یا چندکاربره)
ایجاد پروژه جدید
File → New → DNA File
نام ژن یا پلاسمید را میتوانید فارسی بنویسید (مثلاً «pEGFP-C1-حامد»)
وارد کردن توالی
سه راه دارید:
- کپی-پیست مستقیم از NCBI
- Import از فایل .fasta ،.gb ،.dna
- جستجو مستقیم در بانک ژن (Search NCBI)
طراحی کلونینگ
Actions → Clone → Gibson Assembly
فقط کافی است اینزرت و وکتور را انتخاب کنید، SnapGene خودش اورهنگها را میسازد.
بررسی Reading Frame و محدودیت آنزیمی
با یک کلیک میتوانید ببینید آیا اینزرت در فریم درست قرار گرفته یا نه. همچنین تمام سایتهای آنزیمی بهصورت رنگی نمایش داده میشوند.
خروجی گرفتن برای مقاله
File → Export → Map یا Sequence
فرمتهای PNG، SVG و PDF با کیفیت بسیار بالا ارائه میشود که برای ژورنالهای Nature، PNAS و حتی نشریات داخلی مناسب است.
مزایا نسبت به نرمافزارهای دیگر
| ویژگی | SnapGene 8.2.1 | Geneious | Benchling | ApE |
|---|---|---|---|---|
| قیمت لایسنس در ایران | مناسب | بسیار گران | ابری + گران | رایگان ولی قدیمی |
| کار آفلاین | بله | بله | خیر | بله |
| پشتیبانی فارسی | عالی | ندارد | ندارد | ندارد |
| سرعت اجرا | بسیار بالا | متوسط | وابسته به اینترنت | بالا |
| شبیهسازی ژل | واقعی | ساده | ندارد | ندارد |
اگر در ایران مشغول تحقیق در حوزه زیستفناوری، مهندسی ژنتیک یا پزشکی مولکولی هستید، دانلود SnapGene 8.2.1 و استفاده از آن تقریباً اجتنابناپذیر است. این نرمافزار نه تنها کار شما را سریعتر میکند، بلکه کیفیت ارائه نتایجتان را به سطح مجلات تراز اول دنیا میرساند.
