نرم افزار Compound Discoverer 3.5 — راهنمای کامل دانلود، لایسنس و خرید نرم افزار

این راهنما برای پژوهشگران، کارشناسان آزمایشگاهی، و متخصصان خرید فناوری در ایران نوشته شده است و تمام جنبه‌های نرم افزار کامپاند دیسکاوور ۳.۵ را در سال ۱۴۰۵ پوشش می‌دهد؛ از معرفی قابلیت‌های اصلی و ویژگی‌های جدید، تا انواع لایسنس، نحوه دانلود رسمی، و پاسخ به پرسش‌های متداول کاربران.

کامپاند دیسکاوور چیست؟

Compound Discoverer یک نرم افزار دسکتاپ تحت ویندوز است که توسط Thermo Fisher Scientific زیر برند Thermo Scientific توسعه یافته است. هدف اصلی این نرم افزار پردازش داده‌های جرم‌سنجی با وضوح بالا و دقت بالا، به‌ویژه از دستگاه‌های Orbitrap است و این داده‌ها را به فهرست‌های ترکیبات شناسایی‌شده، حاشیه‌نویسی‌شده، و از نظر آماری ارزیابی‌شده تبدیل می‌کند.

پیش از وجود راه‌حل‌هایی مانند این نرم افزار، آزمایشگاه‌ها مجبور بودند از ابزارهای متعدد و ناهماهنگ استفاده کنند — یک برنامه برای تشخیص پیک، برنامه‌ای دیگر برای جستجوی پایگاه داده، برنامه‌ای سوم برای آمار، و برنامه‌ای چهارم برای نقشه‌برداری مسیر متابولیکی. Compound Discoverer تمام این کارکردها را زیر یک لایسنس واحد، یک رابط کاربری یکپارچه، و یک فایل نتیجه‌ی مشترک گرد آورده است.

این نرم افزار هم برای متخصصان حرفه‌ای طیف‌سنجی جرمی و هم برای پژوهشگرانی که تازه با تحلیل داده آشنا می‌شوند طراحی شده است. قالب‌های ورک‌فلوی از پیش ساخته‌شده به غیرمتخصصان این امکان را می‌دهند که یک مطالعه‌ی متابولومیکس کامل را در چند کلیک اجرا کنند، در حالی که ویرایشگر نود قابل تنظیم کامل به کاربران حرفه‌ای اجازه می‌دهد خطوط لوله‌ی اختصاصی منطبق بر نیازهای دقیق آزمایش خود بسازند.

قابلیت‌های اصلی نرم افزار

معماری ورک‌فلوی مبتنی بر نود

بارزترین ویژگی طراحی Compound Discoverer سیستم ورک‌فلوی ماژولار و مبتنی بر نود آن است. یک ورک‌فلو از نودهای پردازشی مجزا تشکیل می‌شود که هر کدام یک عملکرد خاص مانند هم‌ترازی کروماتوگرافیک، تشخیص ترکیبات، گروه‌بندی ادداکت، جستجوی پایگاه داده، نرمال‌سازی آماری، یا نقشه‌برداری مسیر متابولیکی را انجام می‌دهند. نودها به صورت زنجیره‌وار اتصال می‌یابند و خروجی هر مرحله به مرحله بعدی منتقل می‌شود.

این معماری سه مزیت اصلی دارد. اول، شفافیت — پژوهشگران می‌توانند دقیقاً ببینند کدام الگوریتم روی داده‌هایشان اجرا شده و به چه ترتیبی. دوم، تکرارپذیری — یک فایل ورک‌فلوی ذخیره‌شده تمام پارامترهای استفاده‌شده در یک مطالعه را ضبط می‌کند و هر همکاری می‌تواند عیناً همان تحلیل را روی داده‌های جدید اجرا کند. سوم، قابلیت توسعه — Thermo Fisher یک کیت توسعه‌ی نرم افزاری منتشر کرده که به کاربران پیشرفته و توسعه‌دهندگان ثالث اجازه می‌دهد نودهای سفارشی با Python، R یا .NET بسازند.

شناسایی و حاشیه‌نویسی ترکیبات

شناسایی ترکیبات هسته اصلی هر ورک‌فلوی تحلیل ترکیبات ناشناخته است، و Compound Discoverer یکی از گسترده‌ترین خطوط لوله جستجوی چندپایگاه‌داده‌ای را در یک نرم افزار دسکتاپ واحد ارائه می‌دهد. این نرم افزار می‌تواند mzCloud، mzVault، ChemSpider، BioCyc و لیست‌های جرمی تعریف‌شده توسط کاربر را به صورت همزمان جستجو کند.

برای هر ترکیب کاندیدا، نرم افزار امتیازات اطمینان متعدد و متعامدی را بر اساس جرم دقیق، الگوی ایزوتوپی، شباهت طیف تکه‌تکه‌شدن، و — در نسخه ۳.۵ — یک پیش‌بینی تکه‌تکه‌شدن درون‌سیلیکویی بهبودیافته به نام FISh Scoring محاسبه می‌کند.

تحلیل آماری و بصری‌سازی

فهرست‌های خام ترکیبات به تنهایی به ندرت قابل اقدام هستند. Compound Discoverer شامل یک مجموعه جامع از ابزارهای آماری است که به استخراج معنای بیولوژیکی از مطالعات چندنمونه‌ای کمک می‌کند. نمودار تحلیل مؤلفه اصلی (PCA) بازرسی بصری سریع خوشه‌بندی نمونه‌ها و تشخیص نمونه‌های پرت را ممکن می‌سازد. ماژول تحلیل تمایز حداقل مربعات جزئی (PLS-DA) کاهش ابعاد نظارت‌شده را برای مطالعاتی با برچسب‌های گروهی تعریف‌شده اضافه می‌کند. نمودارهای آتشفشانی، جداول ترکیبات شبیه نقشه حرارتی، و محاسبات تغییر برابر همگی در نمایشگر نتایج تعبیه شده‌اند.

نقشه‌برداری مسیرهای بیولوژیکی

ترکیبات شناسایی‌شده می‌توانند روی مسیرهای متابولیکی با استفاده از موتور مسیریابی Metabolika داخلی یا یکپارچگی زنده BioCyc نقشه‌برداری شوند. نمایشگر مسیر اطلاعات کمی مانند تغییر برابر و معناداری آماری را مستقیماً روی دیاگرام‌های مسیر نمایش می‌دهد و به زیست‌شناسان دیدی شهودی از اینکه کدام مسیرهای متابولیکی بین شرایط آزمایشی مختل شده‌اند می‌دهد.

ویژگی‌های جدید کامپاند دیسکاوور ۳.۵ در سال ۱۴۰۵

نرم افزار Compound Discoverer 3.5 در آبان ۱۴۰۴ (نوامبر ۲۰۲۵) منتشر شد و در سال ۱۴۰۵ به عنوان آخرین و کامل‌ترین نسخه در دسترس کاربران است. این نسخه یک گام بزرگ به جلو در سه حوزه متمایز است: تحلیل آلاینده‌های محیطی (به‌ویژه PFAS)، اطمینان از حاشیه‌نویسی، و یکپارچگی سیستم. بخش‌های زیر هر قابلیت جدید مهم را به تفصیل شرح می‌دهند.

۱. الگوریتم بهبودیافته FISh Scoring

تکه‌تکه‌شدن درون‌سیلیکویی که در این نرم افزار به نام جستجوی یون قطعه (FISh Scoring) شناخته می‌شود در نسخه ۳.۵ یک بازنویسی الگوریتمی کامل دریافت کرده است. الگوریتم جدید دو بهبود کلیدی نسبت به پیاده‌سازی قبلی ارائه می‌دهد. اول، پوشش برای حالت یونیزاسیون منفی به‌طور قابل‌توجهی افزایش یافته که برای بخش بزرگی از مطالعات متابولومیکس و محیطی که برای تشخیص ترکیبات اسیدی مانند اسیدهای چرب، اسیدهای صفراوی، و بسیاری از گونه‌های PFAS به ESI منفی متکی هستند بسیار مهم است. دوم، سرعت محاسبه تکه‌تکه‌شدن به‌طور قابل‌توجهی بهبود یافته که زمان کلی پردازش ورک‌فلو را برای مجموعه‌های مطالعاتی بزرگ کاهش می‌دهد.

۲. نود امتیازدهی PFAS و نمودار PFAS

ترکیبات پرفلوئوروآلکیل و پلی‌فلوئوروآلکیل (PFAS) به یکی از دسته‌های آنالیت با اولویت بالا در تحلیل‌های محیطی و نظارتی تبدیل شده‌اند. Compound Discoverer 3.5 یک نود امتیازدهی PFAS اختصاصی معرفی می‌کند که یک طرح اولویت‌بندی چندمعیاره را برای ترکیبات PFAS کاندیدا شناسایی‌شده در ماتریس‌های پیچیده اعمال می‌کند.

کنار نود امتیازدهی، یک بصری‌سازی جدید PFAS Plot نیز اضافه شده است. این نمودار پراکنده تخصصی، کمبود جرم نرمال‌شده (MD/C) را در برابر جرم نرمال‌شده (m/C) برای هر ترکیب شناسایی‌شده نمایش می‌دهد، با یک محور اختیاری با تبدیل CF2 که نردبان کمبود جرم مشخصه‌ی سری‌های هموگلوگ ترکیبات فلوریناته را به یک الگوی بصری متمایز تبدیل می‌کند. پژوهشگران می‌توانند فوراً کاندیداهای PFAS را از مؤلفه‌های غیرفلوریناته ماتریکس متمایز کنند.

علاوه بر این، نسخه ۳.۵ هفده تلفات خنثی جدید که مشخصه ترکیبات PFAS هستند را به کتابخانه جستجوی Internal Loss اضافه می‌کند. این گسترش تأیید قطعات ساختاری تشخیصی برای زیرکلاس‌های PFAS مانند اسیدهای پرفلوئوروکربوکسیلیک، اسیدهای پرفلوئوروسولفونیک، و گونه‌های فلوروتلومر را آسان‌تر می‌کند.

۳. جدول Formulas سطح بالا

یکی از چالش‌های پایدار در ورک‌فلوهای حاشیه‌نویسی چندپایگاه‌داده‌ای، آشتی دادن پیش‌بینی‌های فرمول از منابع مختلف است. نسخه ۳.۵ یک جدول فرمول تجمیعی در سطح بالای نمایشگر نتیجه معرفی می‌کند. این جدول تمام فرمول‌های مولکولی شناسایی‌شده یا پیش‌بینی‌شده از هر منبع حاشیه‌نویسی استفاده‌شده در ورک‌فلو — جستجوهای پایگاه داده، تطبیق کتابخانه طیفی، پیش‌بینی فرمول جرم دقیق، و امتیازدهی درون‌سیلیکویی — را در یک نمای رتبه‌بندی‌شده واحد تجمیع می‌کند.

۴. یکپارچگی صدور به Chromeleon CDS

یک بهبود مهم در یکپارچگی ورک‌فلو در نسخه ۳.۵ امکان صادر کردن جدول Compounds مستقیماً به سیستم داده کروماتوگرافی Thermo Scientific Chromeleon (CDS) است. Chromeleon به‌طور گسترده به عنوان پلتفرم اصلی اطلاعات آزمایشگاهی و مدیریت داده در آزمایشگاه‌های داروسازی، مواد غذایی، و محیطی تنظیم‌شده استفاده می‌شود.

یک مسیر صادرکردن موازی برای جداول GC/EI Compounds به Chromeleon نیز اضافه شده که این مزیت را به آزمایشگاه‌هایی که ورک‌فلوهای GC Orbitrap را برای پروفایل‌سازی طعم و رایحه و غربال‌گری محیطی اجرا می‌کنند گسترش می‌دهد.

۵. ورک‌فلوی جدید برچسب‌گذاری ایزوتوپ پایدار هدفمند

آزمایش‌های برچسب‌گذاری ایزوتوپ پایدار (SIL) که از سوبستراهای غنی‌شده از نظر ایزوتوپی مانند ¹³C-گلوکز یا ¹⁵N-گلوتامین برای ردیابی شار متابولیکی از طریق مسیرهای بیولوژیکی استفاده می‌کنند در انکولوژی، زیست‌شناسی سیستم‌ها، و پژوهش تغذیه به سرعت رشد کرده‌اند. نسخه ۳.۵ یک قالب ورک‌فلوی SIL هدفمند اختصاصی جدید معرفی می‌کند که تشخیص و کمی‌سازی ایزوتوپولوگ در نمونه‌های برچسب‌گذاری‌شده را ساده‌تر می‌کند.

۶. بهبودهای جستجوی تلفات داخلی

قابلیت جستجوی تلفات داخلی که تلفات خنثی بین هر دو یون قطعه را شناسایی می‌کند در نسخه ۳.۵ گسترش یافته است. کتابخانه Neutral Losses اکنون یک گزینه جدید برای جستجوی تلفات بین پیش‌ماده و یک قطعه یا بین دو قطعه درون یک درخت طیفی دارد. نود Search Neutral Losses اکنون تلفات داخلی را در کنار تلفات متعارف پیش‌ماده-قطعه گزارش می‌دهد.

۷. یکپارچگی نود SIRIUS

به زودی پس از انتشار نسخه ۳.۵، Thermo Fisher یک نود SIRIUS را برای Compound Discoverer در دسترس قرار داد. SIRIUS یک ابزار دانشگاهی است که توسط دانشگاه فردریش شیلر ینا توسعه یافته و حاشیه‌نویسی فرمول مولکولی بدون نیاز به داده‌های مرجع را با استفاده از درخت‌های تکه‌تکه‌شدن انجام می‌دهد و کلاس‌های ترکیبی را از طریق CANOPUS پیش‌بینی می‌کند. یکپارچگی SIRIUS به عنوان نود در موتور ورک‌فلو Compound Discoverer به کاربران دسترسی مستقیم به روش‌های شیمی‌انفورماتیک پیشرفته از جامعه دانشگاهی را در همان محیط لایسنس‌شده‌ای که از قبل برای سایر وظایف پردازش داده استفاده می‌کنند می‌دهد.

۸. مقیاس‌بندی فونت رابط کاربری برای نمایشگرهای HiDPI

یک بهبود کیفیت زندگی که به همه کاربران روی نمایشگرهای با DPI بالا یا نمایشگرهای فرمت بزرگ سود می‌رساند، مقیاس‌بندی تطبیقی فونت جدید در نسخه ۳.۵ است. رابط کاربری اکنون به‌طور خودکار اندازه فونت‌های استفاده‌شده در نمودارها، نمایشگرهای طیف، جداول ترکیبات، و نمودارهای آماری را با توجه به وضوح نمایشگر و تنظیمات DPI سیستم تنظیم می‌کند.

حوزه‌های کاربردی نرم افزار

نرم افزار Compound Discoverer 3.5 برای طیف گسترده‌ای از رشته‌های پژوهشی مولکول کوچک طراحی شده است. حوزه‌های کاربردی زیر به‌طور صریح توسط قالب‌های ورک‌فلوی داخلی و یکپارچگی‌های پایگاه داده موجود در لایسنس نرم افزار پشتیبانی می‌شوند.

متابولومیکس هدفمند و غیرهدفمند

متابولومیکس کاربرد اصلی‌ای است که Compound Discoverer در اصل برای آن توسعه یافته است. این نرم افزار داده‌های LC-MS و GC-MS را از مطالعات متابولومیکس در هر دو حالت یونیزاسیون مثبت و منفی پردازش می‌کند، هم‌ترازی کروماتوگرافی را در کوهورت‌های بزرگ نمونه انجام می‌دهد، ویژگی‌های ترکیبی را شناسایی و گروه‌بندی می‌کند، متابولیت‌ها را در برابر پایگاه‌های داده متعدد شناسایی می‌کند، و مقایسه‌های آماری لازم برای استنتاج نتیجه‌گیری‌های بیولوژیکی را انجام می‌دهد.

غربال‌گری PFAS و آلاینده‌های محیطی

بهبودهای خاص PFAS در نسخه ۳.۵ Compound Discoverer را به یکی از قابل‌توانایی‌ترین راه‌حل‌های نرم افزاری تجاری برای تحلیل غیرهدفمند PFAS با استفاده از ابزارهای HRAM تبدیل می‌کند. این نرم افزار در غربال‌گری نمونه‌های آب آشامیدنی، آب‌های سطحی، عصاره‌های خاک، ماتریس‌های بیولوژیکی، و محصولات مصرفی ساخته‌شده قابل استفاده است.

متابولیسم دارو و فارماکوکینتیک

آزمایشگاه‌های پژوهش دارویی از Compound Discoverer برای شناسایی و مشخص کردن متابولیت‌های دارویی در پلاسما، ادرار، صفرا، و نمونه‌های انکوباسیون in vitro استفاده می‌کنند. توانایی نرم افزار در جستجوی پایگاه‌های داده پیش‌بینی متابولیت و اعمال قوانین بیوترانسفورماسیون به تحلیلگران کمک می‌کند تا سرنوشت متابولیکی کامل موجودیت‌های شیمیایی جدید را در طول توسعه پیش‌بالینی و بالینی اولیه نقشه‌برداری کنند.

ایمنی مواد غذایی و تشخیص تقلب

آزمایشگاه‌های صحت و ایمنی مواد غذایی از Compound Discoverer برای تشخیص تقلب‌های شیمیایی، مواد اجزای اعلام‌نشده، باقیمانده داروهای دامپزشکی، متابولیت‌های آفت‌کش، و مایکوتوکسین‌ها در ماتریس‌های پیچیده مواد غذایی استفاده می‌کنند.

سم‌شناسی قانونی و پژوهش بالینی

آزمایشگاه‌های سم‌شناسی قانونی و بالینی از توانایی Compound Discoverer در تشخیص و شناسایی موقت مواد روانگردان جدید، داروهای طراحی‌شده، و عوامل مسمومیت ناشناخته در نمونه‌های بیولوژیکی بهره می‌برند.

اکوسیستم پایگاه داده و کتابخانه

mzCloud 2.0

mzCloud پایگاه داده طیف مرجع اختصاصی، مدیریت‌شده، و به‌روزرسانی‌شده مستمر Thermo Fisher است. نسخه‌ای که از Compound Discoverer 3.5 قابل دسترسی است، mzCloud 2.0 است که بیش از ۱۶.۵ میلیون طیف در بیش از ۳۲۰۰۰ درخت طیفی دارد. پایگاه داده شامل فیلدهای فراداده غنی مانند کلاس‌های ترکیبی و شماره‌های ثبت CAS است که حاشیه‌نویسی در سطح کلاس شیمیایی را حتی زمانی که تطبیق ساختار قطعی ممکن نیست میسر می‌سازد. دسترسی به پایگاه داده mzCloud آنلاین بخشی از لایسنس نرم افزار است.

mzVault

mzVault برنامه مدیریت کتابخانه طیفی محلی Thermo Fisher است که با لایسنس Compound Discoverer همراه می‌آید. آزمایشگاه‌ها می‌توانند کتابخانه‌های طیفی داخلی خود را با استفاده از mzVault بسازند، نگه‌داری کنند، و جستجو کنند. جستجوی کتابخانه محلی کاملاً آفلاین انجام می‌شود و بنابراین برای نمونه‌هایی که حاوی ساختارهای ترکیبی محرمانه‌ای هستند که نباید به سرورهای خارجی منتقل شوند مناسب است.

ChemSpider و BioCyc

ChemSpider که توسط انجمن سلطنتی شیمی نگه‌داری می‌شود دسترسی به میلیون‌ها ساختار شیمیایی از ده‌ها پایگاه داده عمومی مدیریت‌شده و تجمیع‌شده را فراهم می‌کند. BioCyc اطلاعات مسیر متابولیکی ساختاریافته شامل روابط سوبسترا-محصول، حاشیه‌نویسی‌های آنزیم، و دیاگرام‌های مسیر را فراهم می‌کند.

یکپارچگی با پلتفرم Ardia

یکپارچگی پلتفرم Ardia که به عنوان یک ویژگی اتصالی در Compound Discoverer 3.4 معرفی شد و در دوران نسخه ۳.۵ توسعه یافت، برنامه دسکتاپ را به یک اکوسیستم مدیریت داده آزمایشگاهی ابری-متصل تبدیل می‌کند. وقتی به پلتفرم Ardia متصل است، کاربران می‌توانند از هر ایستگاه کاری متصل به اینترنت بدون کپی‌ دستی فایل‌های داده بزرگ دستگاه به داده‌های خام دسترسی مستقیم داشته باشند، فایل‌های نتیجه را آپلود و ذخیره کنند، و با ابزارهای همکاری همزمان روی یک مطالعه کار کنند.

انواع لایسنس و نحوه خرید نرم افزار

Compound Discoverer یک نرم افزار با لایسنس تجاری است که توسط Thermo Fisher Scientific به صورت درخواست برای قیمت فروخته می‌شود. در ایران، پژوهشگران و مسئولان آزمایشگاه‌ها معمولاً برای خرید لایسنس نرم افزار از طریق نمایندگی‌های منطقه‌ای Thermo Fisher یا کانال‌های تأمین رسمی اقدام می‌کنند. دسته‌های لایسنس زیر معمولاً در دسترس هستند.

لایسنس تک‌نشسته

لایسنس استاندارد تک‌نشسته نصب و فعال‌سازی روی یک کامپیوتر مشخص را مجاز می‌داند. این گزینه لایسنس اولیه برای پژوهشگران فردی یا گروه‌های آزمایشگاهی کوچک است. لایسنس به سخت‌افزار یک ماشین خاص قفل می‌شود و فعال‌سازی نیاز به اتصال اینترنت به سرور Thermo MS Licensing دارد. نرم افزار یک دوره ارزیابی ۶۰ روزه پس از نصب قبل از اینکه فعال‌سازی لایسنس لازم شود ارائه می‌دهد.

لایسنس چندنشسته و سایتی

آزمایشگاه‌هایی با چندین ایستگاه کاری پردازش داده یا محیط‌های امکانات اصلی که به کاربران زیادی خدمت می‌دهند معمولاً لایسنس‌های چندنشسته یا سایتی خریداری می‌کنند. برای خرید این نوع لایسنس، با تیم فروش منطقه‌ای Thermo Fisher Scientific برای دریافت قیمت سفارشی بر اساس تعداد کاربران همزمان و مکان‌های نصب تماس بگیرید.

لایسنس ارتقاء

مشتریان موجودی که دارای لایسنس معتبر برای نسخه قبلی Compound Discoverer هستند واجد شرایط دریافت لایسنس ارتقاء به نسخه ۳.۵ هستند. ارتقاء از طریق پورتال دانلود و لایسنس نرم افزار LSMS اعمال می‌شود. مشتریانی که دارای قرارداد پشتیبانی نرم افزار فعال هستند معمولاً ارتقاء را بدون هزینه اضافی دریافت می‌کنند.

لایسنس دانشگاهی و پژوهشی

Thermo Fisher Scientific برنامه‌های قیمت‌گذاری دانشگاهی برای دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی غیرانتفاعی ارائه می‌دهد. کاربران و آزمایشگاه‌های موجود در ایران که در دانشگاه‌های دولتی یا مراکز تحقیقاتی وابسته به وزارت بهداشت یا وزارت علوم فعالیت می‌کنند می‌توانند تقاضای قیمت دانشگاهی را از طریق تیم فروش دانشگاهی منطقه‌ای Thermo Fisher ارسال کنند. دارندگان لایسنس دانشگاهی به همان پکیج نرم افزاری کامل مشتریان تجاری دسترسی دارند.

پیش‌نیازهای سیستم

مشخصات سخت‌افزاری حداقل و توصیه‌شده زیر برای Compound Discoverer 3.5 اعمال می‌شوند. این الزامات ماهیت محاسباتی فشرده پردازش طیف جرمی با وضوح بالا، به‌ویژه برای مطالعات چندنمونه‌ای بزرگ را منعکس می‌کنند.

سیستم عامل

Compound Discoverer 3.5 روی نسخه‌های ۶۴ بیتی Windows 10 و Windows 11 اجرا می‌شود. نسخه‌های قدیمی‌تر ویندوز پشتیبانی نمی‌شوند. نرم افزار به‌طور پیش‌فرض از محلی US-English استفاده می‌کند.

پردازنده

یک پردازنده مدرن چندهسته‌ای به شدت توصیه می‌شود. معماری پردازش موازی نرم افزار می‌تواند از تمام هسته‌های موجود در طول نودهای محاسباتی فشرده مانند هم‌ترازی، تشخیص ترکیبات، و امتیازدهی mzLogic استفاده کند.

حافظه RAM

حداقل ۱۶ گیگابایت RAM برای عملکرد اولیه لازم است. برای مطالعاتی با بیش از ۲۰ نمونه یا هنگام پردازش فایل‌های داده خام از ابزارهای Orbitrap با وضوح بالا، ۳۲ گیگابایت یا بیشتر به شدت توصیه می‌شود.

فضای ذخیره‌سازی

درایوهای حالت جامد (SSD) برای ذخیره هم برنامه و هم فایل‌های مطالعه و نتیجه به شدت ترجیح داده می‌شوند. Compound Discoverer به پایگاه‌های داده SQLite مبتنی بر خود با عملیات خواندن و نوشتن تصادفی مکرر دسترسی دارد. حداقل ۵۰۰ گیگابایت فضای آزاد SSD برای پردازش داده فعال توصیه می‌شود.

نحوه دانلود کامپاند دیسکاوور ۳.۵

کانال رسمی و تنها کانال پشتیبانی‌شده برای دانلود Compound Discoverer 3.5 پورتال دانلود و لایسنس نرم افزار LSMS شرکت Thermo Fisher است. مراحل زیر فرآیند دانلود و نصب را برای مشتریان جدید و کاربرانی که از نسخه قبلی ارتقاء می‌دهند شرح می‌دهند.

مرحله ۱ — ایجاد یا ورود به حساب کاربری Thermo Fisher

دسترسی به پورتال دانلود و لایسنس LSMS نیازمند یک حساب کاربری ثبت‌شده Thermo Fisher Scientific مرتبط با یک لایسنس محصول فعال یا سفارش خرید معتبر است. اگر مشتری جدید هستید، نماینده حساب Thermo Fisher شما یک حساب پورتال برای شما ایجاد می‌کند.

مرحله ۲ — پیدا کردن نصب‌کننده Compound Discoverer 3.5

پس از ورود به پورتال، به بخش Products بروید و Compound Discoverer را در دسته Mass Spectrometry Software پیدا کنید. نسخه ۳.۵ را از انتشارهای موجود انتخاب کنید. پکیج دانلود شامل نصب‌کننده برنامه اصلی، برنامه کتابخانه محلی mzVault، داده‌های اختیاری کتابخانه mzCloud آفلاین، و PDF یادداشت‌های انتشار است.

مرحله ۳ — اجرای نصب‌کننده

نصب‌کننده دانلودشده را روی ایستگاه کاری Windows 64 بیتی خود با امتیازات مدیر اجرا کنید. جادوگر نصب حداقل الزامات سخت‌افزاری و سیستم عامل را قبل از ادامه بررسی می‌کند. دستورالعمل‌های روی صفحه را دنبال کنید تا نصب کامل شود.

مرحله ۴ — فعال‌سازی لایسنس

Compound Discoverer 3.5 را راه‌اندازی کنید. برنامه درخواست فعال‌سازی لایسنس را ارائه خواهد داد. اعتبارنامه‌های لایسنس ارائه‌شده در ایمیل فعال‌سازی ارسال‌شده توسط Thermo MS Licensing را وارد کنید، یا آن‌ها را در پورتال LSMS در بخش entitlement حساب کاربری‌تان پیدا کنید. فعال‌سازی از طریق اتصال اینترنت کامل می‌شود و لایسنس را به سخت‌افزار کامپیوتر خاص قفل می‌کند. برای نصب روی کامپیوتری بدون دسترسی اینترنت، پورتال یک روند فعال‌سازی آفلاین ارائه می‌دهد.

مرحله ۵ — نصب اجزای اختیاری

پس از فعال شدن برنامه اصلی، اختیاراً کتابخانه mzCloud آفلاین را نصب کنید اگر آزمایشگاه شما در یک محیط محدود از نظر شبکه کار می‌کند. mzVault را نصب کنید اگر قصد دارید در برابر کتابخانه‌های طیفی محلی داخلی جستجو کنید. یکپارچگی پلتفرم Ardia را اگر سازمان شما یک حساب Ardia دارد متصل کنید.

کاربران ایرانی و نرم افزار کامپاند دیسکاوور ۳.۵

در ایران، آزمایشگاه‌های پژوهشی دانشگاهی، مراکز تحقیقاتی صنعت داروسازی، مؤسسات کنترل کیفیت مواد غذایی، و آزمایشگاه‌های محیط‌زیست از مهمترین کاربران بالقوه این نرم افزار هستند. دانشکده‌های داروسازی، شیمی، و بیوتکنولوژی در دانشگاه‌های تهران، شهید بهشتی، اصفهان، مشهد، و شیراز پژوهش‌هایی در زمینه‌های متابولومیکس، تحلیل متابولیسم دارو، و شناسایی مواد طبیعی انجام می‌دهند که دقیقاً در حوزه کاربرد این نرم افزار قرار می‌گیرند.

پژوهشگران ایرانی که به دنبال دانلود یا خرید لایسنس نرم افزار Compound Discoverer هستند باید توجه داشته باشند که تنها راه دانلود رسمی، پورتال LSMS شرکت Thermo Fisher است و هر منبع غیررسمی دیگری نه‌تنها فاقد پشتیبانی فنی خواهد بود، بلکه از قابلیت دریافت به‌روزرسانی‌های امنیتی و ویژگی‌های جدید نیز محروم خواهد شد. مسئولان خرید آزمایشگاه‌ها در ایران می‌توانند فرآیند خرید لایسنس را از طریق نمایندگی‌های معتبر آنالیتیکال در کشور آغاز کنند.

یکی از چالش‌های رایج برای آزمایشگاه‌های ایرانی، محدودیت‌های دسترسی به اینترنت برای جستجوی پایگاه‌داده آنلاین است. خوشبختانه Compound Discoverer 3.5 امکان استفاده از کتابخانه آفلاین mzCloud و پایگاه‌داده‌های محلی mzVault را فراهم می‌کند که به کاربران اجازه می‌دهد بدون اتصال مستمر به اینترنت نیز ورک‌فلوهای کامل تحلیلی اجرا کنند. این ویژگی برای آزمایشگاه‌های ایرانی که ممکن است با محدودیت‌های پهنای باند یا دسترسی به سرورهای خارجی مواجه باشند بسیار ارزشمند است.

مقایسه Compound Discoverer 3.5 با نسخه‌های قبلی

کاربرانی که از نسخه‌های ۳.۳ یا ۳.۴ ارتقاء می‌دهند خواهند دید که نسخه ۳.۵ یک ارتقاء قابل‌توجه اما تکاملی است نه یک تغییر اساسی. فایل‌های نتیجه از نسخه‌های قبلی می‌توانند تحت ورک‌فلوهای ۳.۵ دوباره پردازش شوند، و فایل‌های ورک‌فلوی سفارشی موجود در بیشتر موارد با تنظیمات پارامتر جزئی سازگار هستند.

اضافات خاص PFAS در نسخه ۳.۵ کاملاً قابلیت‌های جدیدی هستند که معادلی در نسخه‌های ۳.۴ یا قبل‌تر ندارند. یکپارچگی صادرکردن Chromeleon نیز به همین صورت جدید است و برای آزمایشگاه‌های دارویی و غذایی تنظیم‌شده که از قبل از Chromeleon CDS برای ورک‌فلوهای کمی خود استفاده می‌کنند ارزشمند خواهد بود. الگوریتم بهبودیافته FISh امتیازات حاشیه‌نویسی بهتری را در مطالعات حالت منفی بدون نیاز به هیچ تغییر ورک‌فلویی تولید می‌کند.

سوالات متداول (FAQ)

س: آیا Compound Discoverer 3.5 با طیف‌سنج‌های جرمی غیر Thermo سازگار است؟

ج: این نرم افزار به‌صورت بومی فرمت فایل .raw تولیدشده توسط ابزارهای Thermo Scientific را می‌خواند. از طریق فرمت داده باز mzML می‌توان داده‌هایی از ابزارهای سایر سازندگان را وارد کرد، اما پشتیبانی از ویژگی‌ها و کیفیت داده ممکن است متفاوت باشد. نرم افزار برای داده‌های به‌دست‌آمده از طیف‌سنج‌های Orbitrap و سایر طیف‌سنج‌های Thermo بهینه‌سازی و پشتیبانی کامل می‌شود.

س: برای دسترسی به تمام ویژگی‌های نسخه ۳.۵ چه نوع لایسنسی لازم است؟

ج: تمام ویژگی‌های توضیح‌داده‌شده در این مقاله، از جمله نود امتیازدهی PFAS، نود SIRIUS، صادرکردن به Chromeleon، و یکپارچگی پلتفرم Ardia، تحت لایسنس استاندارد تک‌نشسته گنجانده شده‌اند. هیچ لایسنس افزودنی یا ماژول جداگانه‌ای لازم نیست.

س: آیا می‌توانم از Compound Discoverer 3.5 بدون اتصال اینترنت استفاده کنم؟

ج: برنامه می‌تواند بدون اتصال اینترنت مستمر نصب و اجرا شود، اما جستجوهای پایگاه داده آنلاین (mzCloud، ChemSpider، BioCyc) در آن پیکربندی در دسترس نخواهند بود. ورک‌فلوهایی که محدود به جستجوهای کتابخانه طیفی محلی با استفاده از کتابخانه آفلاین mzVault و پیش‌بینی فرمول جرم دقیق هستند کاملاً بدون دسترسی اینترنت عمل خواهند کرد. فعال‌سازی لایسنس می‌تواند از طریق روند فعال‌سازی آفلاین انجام شود.

س: دوره ارزیابی ۶۰ روزه چه مدت است و چه محدودیت‌هایی دارد؟

ج: دوره ارزیابی از زمان نصب شروع می‌شود و ۶۰ روز تقویمی طول می‌کشد. در این مدت، کارکردهای کامل نرم افزار بدون محدودیت در دسترس است. هیچ ویژگی‌ای در حالت ارزیابی قفل یا علامت‌گذاری نمی‌شود. پس از ۶۰ روز، نرم افزار برای ادامه کار نیاز به یک لایسنس فعال‌شده معتبر دارد.

س: برای دانلود نصب‌کننده رسمی Compound Discoverer 3.5 کجا باید بروم؟

ج: دانلود رسمی به‌طور انحصاری از طریق پورتال دانلود و لایسنس نرم افزار LSMS شرکت Thermo Fisher در دسترس است که پس از ورود با یک حساب کاربری ثبت‌شده Thermo Fisher مرتبط با یک entitlement لایسنس معتبر قابل دسترسی است. هیچ دانلود مشروعی از نصب‌کننده خارج از این پورتال رسمی وجود ندارد.

س: آیا نسخه رایگان یا دانشگاهی این نرم افزار وجود دارد؟

ج: هیچ نسخه دائماً رایگانی از Compound Discoverer وجود ندارد. ارزیابی ۶۰ روزه تنها مسیر استفاده بدون هزینه است. مؤسسات آموزشی می‌توانند از طریق تیم فروش دانشگاهی Thermo Fisher قیمت لایسنس دانشگاهی درخواست کنند که معمولاً تخفیف قابل‌توجهی نسبت به قیمت تجاری ارائه می‌دهد. دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی در ایران نیز مشمول این برنامه تخفیف دانشگاهی می‌شوند.

س: آیا می‌توان نرم افزار را با یک لایسنس روی چند کامپیوتر نصب کرد؟

ج: یک لایسنس استاندارد تک‌نشسته به یک کامپیوتر خاص قفل می‌شود. نصب روی ماشین‌های اضافی نیاز به یک لایسنس چندنشسته یا انتقال لایسنس — غیرفعال‌سازی روی یک ماشین و سپس فعال‌سازی روی ماشین دیگر — دارد که از طریق پورتال LSMS در دسترس است.

س: آیا Compound Discoverer 3.5 از داده‌های GC-MS علاوه بر داده‌های LC-MS پشتیبانی می‌کند؟

ج: بله. نسخه ۳.۵ شامل پشتیبانی ورک‌فلوی GC/EI اختصاصی، از جمله نودهای تشخیص ترکیبات GC/EI، جستجوی کتابخانه NIST، و صادرکردن جدید جدول GC/EI Compounds به Chromeleon است. کاربران با ابزارهای GC Orbitrap می‌توانند داده‌های خود را کاملاً در Compound Discoverer 3.5 بدون نیاز به یک پکیج تحلیل داده GC-MS جداگانه پردازش کنند.

س: نود SIRIUS چیست و آیا در لایسنس من گنجانده شده است؟

ج: نود SIRIUS ابزار شیمی‌انفورماتیک SIRIUS را که توسط دانشگاه فردریش شیلر ینا توسعه یافته مستقیماً در موتور ورک‌فلو Compound Discoverer یکپارچه می‌کند. دسترسی به SIRIUS در Compound Discoverer تحت لایسنس موجود گنجانده شده است؛ با این حال، استفاده از ویژگی‌های استخراج ساختار آنلاین SIRIUS نیاز به یک حساب SIRIUS دارد که برای کاربران دانشگاهی رایگان است.

س: Compound Discoverer با داده‌های حساس و محرمانه چگونه برخورد می‌کند؟

ج: هنگام انجام جستجوهای آنلاین در برابر mzCloud، ChemSpider، یا BioCyc، Compound Discoverer مقادیر m/z اندازه‌گیری‌شده، فرمول‌های مولکولی، و طیف‌های MS/MS را به سرور پایگاه داده مربوطه منتقل می‌کند. هیچ فراداده نمونه، اطلاعات بیمار، یا داده ساختاری اختصاصی منتقل نمی‌شود مگر اینکه صراحتاً در داده‌های طیفی خود موجود باشد. آزمایشگاه‌هایی که با نمونه‌های حساس تجاری یا مشتق از بیمار کار می‌کنند باید منحصراً از کتابخانه آفلاین mzCloud و پایگاه‌های داده محلی mzVault استفاده کنند.

س: پس از خرید چه منابع پشتیبانی و آموزشی در دسترس هستند؟

ج: Thermo Fisher Scientific منابع پشتیبانی گسترده‌ای برای کاربران دارای لایسنس ارائه می‌دهد، از جمله راهنماهای کاربری دقیق و اسناد آموزشی در پورتال مستندات Thermo Fisher، یک وبلاگ اختصاصی Compound Discoverer نگه‌داری‌شده توسط تیم توسعه نرم افزار، وبینارهای منظم پوشش‌دهنده کاربردها و ویژگی‌های جدید خاص، و یک نشست سالانه کاربران Compound Discoverer و Proteome Discoverer در برمن آلمان. کاربران ایرانی می‌توانند از وبینارهای آنلاین و مستندات وب‌محور استفاده کنند.

نتیجه‌گیری

نرم افزار Compound Discoverer 3.5 یک پلتفرم بالغ، غنی از ویژگی، و فعالانه توسعه‌یافته است که استاندارد تحلیل یکپارچه مولکول کوچک را در سال ۱۴۰۵ تعیین می‌کند. ترکیب انعطاف‌پذیری ورک‌فلوی مبتنی بر نود، شناسایی جامع چندپایگاه‌داده‌ای، بصری‌سازی آماری قدرتمند، و قابلیت‌های جدید قابل‌توجه معرفی‌شده در نسخه ۳.۵ — به‌ویژه در تحلیل PFAS، تکه‌تکه‌شدن درون‌سیلیکویی، و یکپارچگی سیستم آزمایشگاهی — آن را به انتخاب منطقی برای آزمایشگاه‌های شیمی تحلیلی در ایران و سراسر جهان تبدیل می‌کند.

مدل لایسنس ساده است: یک لایسنس تمام ویژگی‌ها را پوشش می‌دهد، و یک ارزیابی ۶۰ روزه برای دانلود و آزمایش کامل قبل از خرید در دسترس است. فرآیند دانلود از طریق پورتال رسمی LSMS شرکت Thermo Fisher مدیریت می‌شود. پژوهشگران و مسئولان آزمایشگاه‌ها در ایران که به دنبال راه‌حلی برای تحلیل داده‌های طیف‌سنجی جرمی با وضوح بالا هستند، از ارزیابی این نرم افزار بهره‌مند خواهند شد.